Gen a wariant genetyczny – czym się różnią?

Czym jest gen?
Gen jest podstawową jednostką dziedziczenia przekazywaną przez rodziców potomstwu. Jest to fragment DNA zawierający zapisaną informację genetyczną o budowie określonych cząsteczek RNA i białek. Według najnowszej wersji opisu genomu człowieka (GRCh38.p13 GENCODE v40), identyfikuje się 19 988 genów kodujących białka oraz kilkadziesiąt tysięcy innych genów, w tym np. genów kodujących regulatorowe cząsteczki RNA. W IMAGENE.ME badana przestrzeń genomu obejmuje 24 tysiące genów, obejmując wszystkie geny kodujące białka oraz część istotnych regulatorowych RNA.

Czy znamy wszystkie geny?
Stosowana obecnie wersja genomu referencyjnego (tzn. wzorcowego, będącego punktem odniesienia) człowieka obejmuje tylko 92% całego naszego DNA, a nie wszystkie geny zostały jeszcze odkryte? Ta wersja genomu, nazywana GRCh38 (hg38), stosowana jest przez laboratoria w badaniach genetycznych WES i WGS. Niektóre jednostki wykorzystują też jeszcze starszą jego wersję GRCh37 (hg19). Dopiero na koniec 2022 roku naukowcy opublikowali kompletną, pozbawioną luk, sekwencję ludzkiego genomu o nazwie T2T-CHM13. Mamy nadzieję, że ten genom będziemy już niedługo mogli wykorzystywać w wykonywanych badaniach.

Czym są warianty genetyczne?
Każda osoba ma dwie kopie każdego genu (zlokalizowanego na chromosomach autosomalnych), po jednej odziedziczonej od każdego z rodziców. Zmiany w obrębie sekwencji genu prowadzą do powstawania różnych wariantów w genach. Różne wersje genów nazywamy w genetyce allelami. Bardzo często wiele genów określa występowanie jednej cechy, równocześnie jeden gen może wpływać na wiele cech. Choroby ludzi mogą być determinowane monogenowo, co oznacza, że pojedyncza zmiana w jednym tylko genie powoduje wystąpienie danego schorzenia, ale i wielogenowo, gdy do wystąpienia schorzenia konieczne jest wystąpienie szeregu zmian w wielu różnych genach.

Podsumowanie
Każdy człowiek jest posiadaczem takiego samego zestawu genów. Różnimy się między innymi dlatego, że posiadamy różne wersje tych samych genów. Często zdarza się, że pacjenci mówią, że posiadają np. „gen CFTR” i dlatego chorują na mukowiscydozę. Należy jednak podkreślić, że samo posiadanie danego genu nie determinuje wystąpienia tej choroby, ponieważ gen ten, jak każdy inny, występuje u wszystkich ludzi, w tym również u zdrowych osób. Natomiast wystąpienie w jego obrębie patogennego wariantu, czyli zmiany np. w sekwencji tego genu, może prowadzić do wystąpienia choroby. To są właśnie te warianty, których my poszukujemy w naszych badaniach diagnostycznych.